La Escuela Náutica fue fundada en 1880 por órdenes del entonces Presidente de México, Porfirio Díaz. En 1921 el Capitán Rafael Castelo, se incorpora a la unidad como el Director Fundador de la Nueva Escuela Náutica de Mazatlán.
Este 8 de marzo se celebran 138 años de la fundación de la institución, en un evento presidido por el Director de la Escuela Náutica, Manuel Vargas Cernas, quién dio un discurso en conmemoración al aniversario donde agradeció aquellos personajes que intervinieron en la formación de la escuela.
El 1 de febrero de 2018, se llevo a cabo la reapertura como escuela mercante con el nombre de “Escuela Náutica Mercante de Mazatlán, Capitán de Altura, Antonio Gómez Maqueo”
